Хүрээлэн буй орчны микробиологийн хичээлээр байгаль дахь бичил биетний тархалт, тэдгээрийн амьдрах орчин, хөрс ус агаарын бохирдол, экосистемийн үйл ажиллагаа алдагдах зэрэг асуудлыг авч үзнэ. Байгаль дахь бохирдлыг бичил организмын тусламжтай задлах, хоргүйжүүлэх улмаар нөхөн сэргээх онолын үндсийг судлана.